Il microbiota umano è l'insieme di microorganismi simbiontici che si trovano nel tubo digerente dell'uomo.
Il desueto termine flora intestinale non è del tutto corretto in quanto si tratta prevalentemente di batteri mentre il termine flora evoca piuttosto il regno vegetale nel quale, nei tempi passati, erano classificati i batteri; aggiungendo che non si tratta soltanto di microbiota intestinali, ma egualmente anche gastrici, ed altri (bocca, gola, etc..), anche il termine umano è preferibile a intestinale per descrivere più fedelmente la natura simbiontica del microbiota.
Il microbiota umano è un buon esempio di mutualismo: cooperazione tra differenti tipologie di organismi che apporta un vantaggio ad ognuna.
. . . Ogni individuo possiede il suo proprio microbiota. . .
Alcuni ricercatori affermano che questo microbiota dovrebbe essere considerato come un organo vero e proprio: "Il microbiota può essere considerato come un organo metabolico squisitamente convertito alla nostra fisiologia che svolge funzioni che non siamo in grado di svolgere altrimenti. . ."
